Personne contact
Isabelle Hue
Participants
Chaque collaboration est la bienvenue !
Titre
Adipodata, an integrative view?
Description du projet et des données utilisées
Analyse in silico de données publiées sur les adipocytes de diverses espèces:
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(i) sgle-cell RNAseq chicken breast muscle => sous populations cellulaires https://bigd.big.ac.cn/search/?dbId=gsa&q=CRA002353
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(ii) LncRNAs fatty/lean pig meat: pas de dépot de données identifié, cf publi https://doi.org/10.1021/acs.jafc.8b04243
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(iii) adipocyte secretome: autocrine/paracrine/endocrine signaling: https://doi.org/10.1007/s00018-019-03256-5 (human data) Human Adipokine ELISA kit: epitopes? primary/tertiary structure?
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(iv) Oncorhynchus mykiss (rainbow trout) genome => orthologous gene mapping
Résultats attendus
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(i) interpoler les données RNAseq porc/poulet sur les adipocytes intra-musculaires; en déduire des jeux de gènes/marqueurs pour ces cellules; combien seraient utilisables chez la truite? en dériver des jeux de primers
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(ii) y retrouve-t-on tout ou partie du secrétome décrit chez l’homme: facteurs de croissance, adipokines? pourrait-on utiliser les outils humains (anticorps, kit Elisa ici) pour détecter ces facteurs chez le poisson dans du milieu de culture adipocytaire par exemple? conservation des séquences et structures protéiques?
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(iii) pourrait-on étendre cette approche à d’autres espèces pour explorer secrétomes (10.3390/ijms21124375.; 10.1039/c6mb00224b.) et sous-populations cellulaires d’autres dépôts adipeux (https://doi.org/10.1016/j.tcb.2020.09.007) pour aller vers une vision intégrative des données publiées, source d’ hypothèses à évaluer sur la truite et/ou le poisson-zèbre? => mise en place de manips
État d’avancement du projet :
1_ Structure de base
Compétences attendues
biostat pour ré-analyser les donnés omiques (normalisation/comparaison)? bioinfo pour les comparaisons entre espèces: séquences, structures protéiques, génomes, sous populations cellulaires, base de données pour organiser tout ca?
Outils - logiciels - méthodes
Toute proposition est la bienvenue pour construire ça ensemble !
Liens outils
- https://bigd.big.ac.cn/search/?dbId=gsa&q=CRA002353
- https://doi.org/10.1021/acs.jafc.8b04243
- https://doi.org/10.1007/s00018-019-03256-5