Personne contact
Participants
Titre
M2A (Metabolights to AuReMe)
Description du projet et des données utilisées
Les réseaux métaboliques à l’échelle du génome (RMEG) représentent l’ensemble des connaissances sur le métabolisme d’une espèce donnée. Ils sont pour l’essentiel construits sur la base d’informations génomiques, mais peuvent être enrichis par des données métabolomiques. Toutefois, l’interopérabilité entre ces deux types de données est limitée par le développement inégal des bases de données métabolomiques par espèces par rapport aux bases de données de séquences protéiques. Par exemple, la base de données MetaboLights (infrastucture ELIXIR) propose de mettre à disposition ce type de données doi: 10.1093/gigascience/gix062, mais son utilisation reste limitée du fait de la barrière d’entrée élevée pour les nouveaux utilisateurs, alors même que les données correspondantes ont parfois été compilées. C’est le cas pour plusieurs espèces de macroalgues, pour lesquelles des RMEGs ont été reconstruits récemment: l’algue rouge Chondrus crispus doi: 10.1016/j.isci.2020.100849 et les algues brunes Cladosiphon okamuranus et Saccharina japonica doi:10.3390/antiox8110564. L’objectif du projet sera de finaliser la soumission de ces données dans Metabolights et de réfléchir à la meilleure manière de mettre à jour cette information dans les RMEGs correspondants disponibles sur http://aureme.genouest.org/wiki.html.
Résultats attendus
- ajout des trois espèces mentionnées dans le navigateur taxonomique de Metabolights
- soumission des données disponibles dans le matériel supplémentaire des deux articles mentionnés (Table S1, doi: 10.1016/j.isci.2020.100849; Tables S2 et S3, doi: 10.3390/antiox8110564)
- réflexion prospective sur la manière d’intégrer ces informations dans les réseaux métaboliques à l’échelle du génome reconstruits à l’aide d’AuReMe.
État d’avancement du projet :
1_structure de base
Compétences attendues
- non informatique: saisie de formulaire en ligne, connaissances en taxonomie des eucaryotes, connaissances en métabolomique.
- informatique: compréhension du format décrivant les RMEG (format padmet) et des possibilités pour les modifier (padmet toolbox) https://doi.org/10.1371/journal.pcbi.1006146
Outils - logiciels - méthodes
La lecture des articles cités plus haut serait une bonne préparation pour comprendre le fonctionnement de Metabolights, des formats de représentation de RMEGs et des possibilités de manipulation de ces fichiers.
Liens outils
Bibliographie :
- Automated assembly of species metabolomes through data submission into a public repository
- Inferring Biochemical Reactions and Metabolite Structures to Understand Metabolic Pathway Drift
- Genome–Scale Metabolic Networks Shed Light on the Carotenoid Biosynthesis Pathway in the Brown Algae Saccharina japonica and Cladosiphon okamuranus
- Traceability, reproducibility and wiki-exploration for “à-la-carte” reconstructions of genome-scale metabolic models
Outils / bases de données :
- Metabolights
- ChEBI
- BioModels
- Liste des réseaux métabolomiques disponibles sur Aureme
- Chondrus crispus, version publiée du réseau soumise à Biomodels
- Cladosiphon okamuranus
- Saccharina latissima
- Exemple de pull request sur le Github de CheBI
Rapport d’avancement
| Objectifs | Réfléchir à l’interopérabilité entre réseaux métaboliques à l’échelle du génome et bases de données métabolomiques (Metabolights, Chebi) |
| Premiers résultats | Identification des différents points de blocages sur l’ensemble du pipeline AuReMe. Script pour un tax id donné importe toutes les métabolites CheBI dans un fichier tabulé.https://gitlab.univ-nantes.fr/bordron-p-1/chebi_species |
| Difficultés techniques | Assemblage de métabolomes par espèce à partir des données renseignées dans Chebi. Problème de formatage des fichiers Chebi https://github.com/ebi-chebi/ChEBI/issues/3997 |