Personne contact
Olivier Dameron, Alban Gaignard
Participants
Chaque collaboration est la bienvenue !
Titre
Federated queries on imaging and genomics data
Description du projet et des données utilisées
Nous proposerons et évaluerons des requêtes SPARQL fédérées, afin de pouvoir interroger des bases de données multi-sites et limiter la centralisation des données. Dans ce projet les données sont stockées en RDF et incluent des observations cliniques, des IRM et des données génomiques sur des patients atteints d’anévrismes intracrâniens.
Résultats attendus
- Construction de plusieurs graphes de connaissance (un par jeu de donnée)
- Identification des ontologies nécessaires
- Identifier des questions biologiques pertinentes
- Déployer 1 endpoint SPARQL par type de données
- Exécuter et évaluer la performance et les résultats des requêtes SPARQL fédérées (avec askOmics et/ou autre moteur de requête).
État d’avancement du projet :
2 (existence)
Compétences attendues
Génomique; Imagerie; Ontologies; Bases de données; Web sémantique
Outils - logiciels - méthodes
SPARQL - RDF - Python