Personne contact
Adrien FOUCAL
Participants
- Eric Charpentier
- Nathan Chaté
Titre
Full-ChipSeq
Repository du projet sur GitLab
Description du projet et des données utilisées
Un pipeline snakemake pour traiter les données ChIP-seq humaines sur une machine linux. Ce pipeline vous permettra de faire ce qui suit :
- Alignement et peak-calling
- Contrôle de la qualité de vos échantillons
- Génération d’un hub pour visualiser les échantillons sur le navigateur de l’UCSC
- Annotation fonctinelle
- Motif finding (TODO)
Ce pipeline est basé sur le pyflow-ChIP-seq développé par Ming Tang. J’ai reconditionné la plupart des étapes, ajouté et supprimé quelques-unes, créé de nouveaux environnements de conda et regroupé tous les résultats de contrôle de qualité dans multiQC. Ce pipeline devrait être facile à installer avec snakemake et conda présents sur le système. Pour l’instant, il fonctionne sur un cluster de sge.
Résultats attendus
L’objectif est d’apprehender l’installation du pipeline et à quel point il est nécéssaire de modulariser la prise en compte des différents types de données de Chip-Seq (pairted end, single end, CUT&RUN)
État d’avancement du projet :
2 (existence)
Compétences attendues
Du bioinformaticien expérimenté au biologiste qui s’essaye à la ligne de commande
Outils - logiciels - méthodes
Snakemake et Conda
Liens utiles
Repository du projet sur GitLab
Rapport d’avancement
| Objectifs | Définir une approche pour intégrer des données de séquencçage Chip-Seq hétérogène : Single vs Paired end, Chip-seq vs Cut&run |
| Premiers résultats | Feuille de route : L’outil snakemake rend ce genre de gestion possible: Utilisation de fonctions pour la sélection des échantillons en input et règles conditionnelles à tester. |
| Difficultés techniques | Prise en main des pipelines. Travail en amont sur les fichiers de configuration et les données tests |